陳水扁總統親自站上火線說明，主軸就是定調【國務機要費】是用在【祕密外交】，沒有進入私人口袋。不過前國安會諮詢委員，熟悉【國務機要費】運用的台聯立委【賴幸媛】指出，國務機要費依法不得用在機密用途，每一筆款項都必須透過發票或領據請款，前駐南非大使【陸以正】更指出，【祕密外交】向來是由【外交部】跟【國安局】執行，總統以【祕密外交】名義，執行國務機要費，實在說不通！

　　一套君悅飯店連號發票，牽扯出國務機要費案，陳總統說這是為了執行祕密外交，不得以的變通手法。這是陳總統首度承認拿無關發票請款，總統府更是五度發表新聞稿，解釋國務機要費用在機密用途，沒有流進私人口袋，這是沿用先例，有何不可？不過李前總統也有話要說。
　　
民進黨執政以前祕密外交經費哪裡來？李前總統任內，外交部跟國安局，都編列祕密預算，體制外還有一筆約四十億元的【奉天】【當陽】專案，這筆錢是不入國庫的，就是所謂國安密帳，曾經擔任國安會諮詢委員的台聯立委【賴幸媛】強調，祕密外交怎麼用，都不該動用到國務機要費！
　　
外交老兵陸以正大使舉例，祕密外交光是【政治遊說】這一項，台灣在美國佈建了多達二十一個點，加上國家訓練一批訓練有素的外交官跟情報員，哪裡是總統找來民間友人，就說是從事祕密外交？國務機要費用在祕密外交，並不是過去可以，現在不可以，問題在於國安密帳繳庫後，總統繼續跨越政府體制直接指揮民間人士，推動祕密外交，並且用權宜措施蒐集發票報帳，才會引發這麼大的爭議！