國務機要費案起訴後，傳出在核銷明細裡，出現副總統呂秀蓮消費的發票，連30塊錢的醬瓜都報帳。對此呂副總統動了肝火相當不滿，表示根本沒這樣的收據，查黑中心要說明消息是那來的。

　　高檢署查黑中心為了偵辦國務機要費一案，核對了上千張的發票，傳出還發現副總統呂秀蓮，消費核銷的發票，包括有到百貨公司買衣服，到大賣場買30塊錢醬瓜，以及一些青菜、魚肉，都是報帳的明細，而呂秀蓮得知後，相當不悅。

　　呂副總統要求給個說明，查黑中心也澄清，絕無洩漏偵查內容，據了解，因為副總統跟總統府秘書長都沒有特別費，因此陳水扁總統按照慣例，會從國務機要費，固定撥給副總統十五萬，秘書長一萬五千元，當作特支費使用，又引發風波，行政院長蘇貞昌支持檢調查清楚。