陳水扁總統剛剛結束南太平洋訪問之旅，回國立刻要面對的又是國務機要費的問題。高檢署查黑中心早在上個月七號及二十號，先後前往總統府與玉山官邸，祕密訊問陳水扁總統和夫人吳淑珍。

　　總統府方面也罕見在七號凌晨發出新聞稿告知媒體，總統已經接受調查，並表達尊重司法的立場。陳總統在帛琉首度公開說出國務機要費這段話後，檢方上午舉行記者會證實。查黑中心檢察官分別在八月七日到總統府訊問陳總統，而二十日到玉山官邸訊問總統夫人吳淑珍。檢方表示，在訊問調查過程中，確實發現國務機要費用其他發票來核銷的狀況，不過目前都還在初步查證的階段，而這些款項有沒有流入私人口袋或其他不法用途，檢方還要深入了解，不排除二度訊問陳總統。

　　對於檢方的說明, 總統府方面不尋常的在七號凌晨發出新聞稿說明總統立場。新聞稿中表示陳總統有關國務機要費中，機密費用使用不夠，所以必須動用到其他的國務機要費(特別費)。因為涉及外交及非常敏感部分無法對外公開。府方更近一步證實總統確實在八月七日下午四點，在總統府內向檢方說明國務機要費用途及支出。同時提供檢方領據資料，府黨口徑一致，強調陳總統主動接受調查，國務機要費用的做法純粹是公事公辦，並沒有私用，國務機要費再度成為關注焦點，府方主動告知，希望給外界一個交代。