歷經偵查四個多月，眾所矚目的國務機要費全案（3日）偵結，包含第一夫人吳淑珍、前總統府副秘書長馬永成等五人都被起訴。 　　檢方調查，陳水扁總統在應訊提出的六件秘密外交中，有二件是花費來自國務機要費，但三件跟國務機要無關，有一件純屬虛構；這部分因為現任總統受憲法五十二條保障，因此卸任後追訴。至於在總統夫人吳淑珍的部分，檢察官認定吳淑珍是共犯。 　　檢方調查，吳淑珍利用職務之便，總共詐取一千四百八十萬四百零八元；因此依貪污偽造文書起訴，可七年以上有期徒刑。此外，總統府前副秘書長馬永成也遭偽造文書罪嫌起訴，最重可處五年以下。其他還包括總統府出納陳鎮慧、總統府辦公室主任林德訓，以及新生製藥董事長李碧君、前總統府機要室主任曾天賜，都以偽造文書以及偽證罪名起訴，而理由就是他們虛報吳淑珍使用發票的數量，可處七年以下有期徒刑。 　　看看歷經四個多月偵查終結的國務機要費案，起訴書厚達78頁；前半部是偵查內容，及列出所涉及罪名的刑度；後半部長達30頁的篇幅是吳淑珍核銷712張發票的明細；最後把訊問過的276名證人全部詳列。國務機要費偵結，除了認定總統也涉案之外，吳淑珍也成為憲政史上第一位被起訴的總統夫人。