事實上，從起訴書的內容可以看出，檢察官陳瑞仁從兩次密訊陳總統及吳淑珍所得到的說辭，抽絲剝繭，一一找出破綻，除了總統夫婦都說不清楚使用國務機要費核銷買禮品，要送給哪位外賓，加上秘密外交被查出部虛構，最後陳瑞仁在十月底提出證據，才讓總統府相關人士，坦承作偽證，讓整個案情明朗化。

　　歷經四個多月，偵查內容全都在這本起訴書裡，檢察官陳瑞仁敢認定總統夫婦涉及貪污，就是從兩度密訊總統以及吳淑珍的說辭，找出破綻。
　　
陳總統在第一次接受偵訊時，先是否認吳淑珍有使用國務機要費購買私人物品，但當陳瑞查到吳淑珍購買的鑽戒，衣服，太陽眼鏡都在國務機要費申領的發票中，陳總統才改口坦承，是他送給夫人自用，還有送給外賓，但一般送禮，都是總統府派員購買，從來沒有收禮物的人先墊錢買，再給發票請領國機費，這種事後追認報帳的方式，相當不合常理。

還有吳淑珍曾花十萬元買一條圍巾，還有購買六萬元的毛衣，都說是要送給外賓，但跟陳總統都說不清楚，受贈的對象是誰。
　　
陳統對陳瑞仁強調，國務機要費都用在秘密外交上，為了查證，陳瑞仁曾以證人身分請前總統李登輝作證，了解秘密外交的作法，經過調查發現，支付卡西迪公司和資助海外人士一千兩百萬的花費，確實是使用國務機要費，但對澳洲的南線專案，根本就是虛構，其他外交工作也都和國務機要費無關，讓檢方認定總統部份說謊。
　　
而檢方也調查發現，吳淑珍平均每個月有一到兩次，會用小信封把發轉交給總統府出納陳鎮慧請領國務機要費，而陳鎮慧還會在信封上特別註名，夫人的，至於在吳淑珍虛報的 七百一十二筆款項中，還包括第一家庭成員日常消費，像陳幸妤刷卡購買兒童美語教材、玩具和名牌，陳致中則買了法律書，趙建銘也提供了總計一萬多塊的三井日本料理消費發票，第一家庭總共核銷國機費一百八十三萬多元。
　　
最關鍵的一，就是在十月三十一號，陳瑞仁查明部份外交工作作假，在證據確鑿情況下，林德訓、陳鎮慧、曾天賜和李碧君等人，才坦承說謊做偽證，讓全案正式攤牌 ，檢察官認為已經沒有再偵查必要，決定終結起訴。