陳水扁總統親自回應，表達對於承辦檢察官陳瑞仁的不滿，陳瑞仁不但全程看完電視直播，還徹夜留在辦公室，上午和其他查黑中心同仁開會研討對策，透過同事轉達，陳瑞仁表示陳總統有什麼意見，可以直接和法官陳述。

　　國務機要費起訴當天，陳瑞仁難得露面，留下這一段話，強調國務機要費偵辦過程，沒有政治力介入，不過政治效應卻不斷發酵，陳水扁總統在48小時內，透過電視轉播，批評陳瑞仁創造【機密費】名詞，在起訴書上洩漏國家機密，也不給夫人吳淑珍二次偵訊的機會，高檢署檢察長謝文定，面對國家元首對陳瑞仁的不滿，表示一切交由司法調查。

　　謝文定說完就匆匆上車，對敏感話題不願多談，而陳瑞仁檢察官則是整天在查黑中心辦公，只透過同事簡短回應，總統有意見，可以直接跟法官說，不過面對國務機要費起訴風暴，又遭逢前長官法務部長陳定南病逝，讓陳瑞仁有感而發，在檢改會網頁上，留下這段文字，【在這黑暗的時刻，我們更加懷念光明磊落之人】，陳瑞仁慎重的署名，緬懷陳定南，在這個時刻，陳瑞仁有這樣的感慨。（記者尤淑嬿、葉子杰、翁乾晃報導）