回顧過去六年，從二○○○年，向上提升還是向下沈淪，李遠哲關鍵表態，把陳總統送進總統府，如今，他痛心發出聲明，呼籲總統考慮下台，我們看李遠哲對扁政府，如何從期待到失望，這六年來的轉折，又是如此！就是這麼一握，前中研院院長李遠哲，輕輕一把將陳水扁推上了總統寶座。李遠哲接下陳水扁總統國政顧問，跨黨派兩岸小組召集人，種下兩人漸行漸遠的開端，回顧陳水扁總統執政四年，國政顧問團無疾而終，跨黨派兩岸小組也始終沒有跨出去，台灣發展停滯，李遠哲在政壇上傷痕也越來越多。兩千零四年一月十五號，李哲和王永慶，林懷民共同發表沉痛告白，呼籲一定要有所改進，但是當時李遠哲仍然力挺改革理想，在大選前公開？扁呂背書。

陳水扁總統順利連任，但總統家族卻捲入一連串弊案，李遠哲語氣越說越重。李遠哲隨即發表公開聲明表示痛心，批評民進黨政績有限，弊案不少，並期待陳水扁止謗莫如自修，在陳水扁總統公開表示歉意後，李遠哲仍然語帶保留。李遠哲沒有看到努力的成果在總統夫人吳淑珍因國務機要費一案被起訴，民進黨內仍全力鞏固領導中心，李遠哲終於再度發表公開信，不過這次不再是挺扁，而是諍言請總統考慮下臺，兩人關係也正式決裂。