繼義美企業總經理高志明呼籲陳水扁總統應考慮請辭後，另一位國政顧問團成員、目前正在巴黎參加國際會議的前中研院長李遠哲，也正式發表一封公開信，語重心長的誠懇建議陳水總統慎重考慮去留問題，並且強調他覺得只有當國家做對了，才能夠生存下來。

　　國務機要費一案掀起政壇風暴，雖然民進黨內壓制了不同聲浪，但是政治效應還在發酵，前中研院院長李遠哲雖然目前遠在巴黎，出席由『以色列─巴勒斯坦科學組織』召開的國際科學委員會議，但是仍然透過傳真和電子郵件，發表一封公開信，建議陳水扁總統慎重考慮去留問題。

　　李遠哲在公開信中表示，雖然他目前身在巴黎參加國際會議，但仍不時想到他摯愛的台灣，目前正遭遇著嚴峻的歷史挑戰。紛擾全台的國務機要費案與檢方的起訴書正衝擊著台灣的社會。而這也是台灣進入民主時代以來最嚴重的危機。李遠哲接著提到，如果陳總統與執政黨仍無意放棄民主政治的核心價值，無意背棄台灣人民對民主治永不中止的理想，那麼陳總統與執政黨就必需在「小我」與「大我」、「政黨」與「國家」之間，做出正確的抉擇。

　　李遠哲語重心長提出的建議就是， 陳總統有必要慎重考慮去留的問題，而李遠哲也說他從不認為，「無論對或錯，都必須支持自己的國家。」他覺得，只有當國家做對了，才能夠生存下來，並且享受文明的繁茂果實。