陳總統親自回應表達對於承辦檢察官陳瑞仁的不滿，陳瑞仁不但全程看電視直播，還徹夜留在辦公室，一早就和其他查黑中心同仁開會研討對策，透過同事轉達，陳瑞仁表示陳總統有什麼意見，可以直接和法官陳述。

　　一大早，高檢署查黑中心門口，就有花店送花來，雖然沒有指名給誰，但是工作人員透露，是要幫陳瑞仁加油打氣。時間回到起訴當天，陳瑞仁難得露面，留下這一段話，強調國務機要費偵辦過程，沒有政治力介入。強調依照法律論點辦案，但後續卻引發重大政治效應。陳水扁總統四十八小時內，上電視重砲回應，認為他創造『機密費』等名詞，還怪他在起訴書上洩漏國家外交秘密，陳瑞仁只透過同事簡短回應，總統有意見，可以直接向法官陳述說明。
　　
面對國務機要費起訴風暴，又遭逢前長官法務部長陳定南病逝，陳瑞仁毫不掩飾在檢改會的網路上，留下這段話。在黑暗的時刻，我們更加懷念光明磊落之人，相信以後會有更多人喜歡陳定南，在這個時刻陳瑞仁有這的感慨。