國務機要費的爭議，持續延燒到立法院，法治委員會審查總統府的預算，就發現明年度的國務機要費編列了五千萬元，比今年還多了一千五百萬，這也引發泛藍立委痛批。

為了爭取明年總統府預算，總統府秘書長陳唐山、國安會秘書長邱義仁二十三日出席立法院委員會，不過看到預算書上，總統府編列五千萬元的國務機要費，比起九十五年度，整整多編列了一千五百萬元，泛藍立委質疑國務費爭議還沒落幕，還編出這樣的預算書，揚言大刪預算，總統府解釋再解釋，但泛藍立委仍是砲聲隆隆，立委李紀珠更指出需要案據的機密費，總統府卻違法，並未給單據，總統核心幕僚成了泛藍立委箭靶，不過府方強調國務機要費仍在調查階段，不該以預算杯葛政府行政。