針對交通部長林佳龍是否該負起太魯閣號意外事件的政治責任？行政院證實，林佳龍在週六(3日)，就致電給行政院長蘇貞昌口頭請辭，被問到如果總統慰留呢？林佳龍表示，搜救第一，不會迴避負起最後責任。總統府也表示，針對林佳龍向總統請辭一事，林佳龍已表達他的立場，總統肯定他負責任的態度，但目前搶修的工作還在進行當中，還不是談論這個問題的時間點。

太魯閣號事故發生的第一時間救人第一，透過4月2日的空拍畫面，可以看到搜救人員來回穿梭，內政部長徐國勇和交通部長林佳龍，也搭機趕到事故現場，當時兩人一前一後走在鐵軌上，往列車走去，親自察看搜救情形。4月2日視察了搜救第一現場，4月3日行政院長蘇貞昌，就接獲了林佳龍的口頭請辭電話。交通部長林佳龍VS.記者說：「(如果總統有要慰留您的話會考慮嗎)，現在不是談我個人的這個去留的事，我該負的責任絕不迴避，我也會負起最後的責任。」

總統府發言人表示，針對林佳龍部長向總統請辭一事，林佳龍已經表達他的立場，總統肯定林部長負責任的態度，但目前搶修的工作還在進行當中，還不是談論這個問題的時間點。而像是工程車所屬的義祥工業社，就被立委質疑5年來有15筆違規開罰的紀錄，為何還可以繼續承包政府工程，需要交通部與相關單位說清楚。立委(民眾黨)高虹安說：「我們想請教鐵路局到底為什麼，這樣一個不良紀錄這麼多的，一家工程廠商可以持續地來，得標我們交通部相關的工程標案，而且相關的工安防護都沒有做好，那鐵路局真的難辭其咎。」鐵道上面就是工地，為什麼斜坡沒有加裝圍籬等防護措施，防止工程車滑落呢，許多的漏洞，是否有辦法確實的一一補齊。立委(民)許智傑說：「(建議林佳龍)留下來完成這項歷史任務，讓台鐵可以徹底地翻轉。」部長請辭下台，能還給人民一條安全的路嗎，如何解決交通漏洞，恐怕才是政府最該優先面對的第一要務。