邱文達自2011年2月上任以來，歷經塑化劑、毒澱粉、大統油摻銅葉綠素及最近的餿水油事件，幾乎台灣最重大的食安風波都在他任內上發生。屢傳他會以是負責請辭，但他的官位依舊屹立不搖，在九月餿水油風暴後，邱文達終究不能全身而退；今日（3日）晚間8時在記者會上親口證實辭去部長一職。 　　邱文達在聲明稿中表示，目前架上已無不合格豬油產品、業者也遭起訴，這起食安風波已暫告一段落；因此他本人信守「絕不戀棧，一定負責任把事件處理完」的承諾。未來他將回歸神經外科的臨床及醫學教育。 　　邱文達表示，對食安事件造成民眾心裡不安，他深表歉意，同時誠心感謝衛福部同仁在他任內的付出；這段期間陸續推動衛生福利的整合、實施二代健保、拓展醫療外交、積極參與WHA、完成長照服務法、保險法、全面提升偏鄉離島醫療等艱難工作。完成他上任宣示的「行公益、好憐憫」的施政理念。他同時感謝司法部會，動員所有人力處理食安事件，追查不良產品。最後他感謝馬英九總統、江宜樺院長、各位立委、媒體各界對他的支持與鼓勵。 　　外界批評邱文達戀棧職位，他不認同這種說法，反問媒體「我戀棧嗎？」邱文達表示，請辭一事很早就跟長官提過，「完全沒有這回事，完全沒有（戀棧）」。他表示自己現在的心情非常坦然、平靜。其實早在餿水油事件發生，他就有請辭負責的念頭，不過（政府）團隊認為他應該要把事情解決，因此他決定負起責任，等到解決了才提（辭呈）出來。 　　至於為何請辭消息由立委費鴻泰傳出？邱文達表示，自己有打電話告知（費鴻泰）等下要召開記者會，告知等下要說明。江宜樺院長是否准辭？他說「目前手續再進行，已經差不多了。」對於自己三年多來的表現，他認為政績是由後世來評，而不是自己來說。任內歷經多次食安危機，邱文達坦言，上次大統油摻銅葉綠素就有請辭想法，但未說明為何前次為何繼續留任，只強調「這次有這個機會，沒有甚麼特別原因，時間也差不多了，我想我也做得夠久了」。