為了偵辦三一九槍擊案，檢警調甚至國安情治當局是全體動員，成立聯合專案小組全力投入，並配合全台地下軍火、改造槍械的查察，希望早日找出槍械製造來源，以槍追人，讓案情早日突破。由於三一九槍擊案發生的地點在台南，因此檢調偵查的重點從一開始，就是鎖定南部地區的地下改造槍枝廠，以及可能涉及開槍的各類嫌疑犯、前科犯來追查。由於發生槍擊當時錄影帶所能提供的線索有限，曾經讓辦案人員大傷腦筋。 　　在旅美鑑定專家李昌鈺返台調查後，三一九槍擊彈殼上的特殊工具痕跡循線追查，將有助破案，刑事警察局根據這項鑑定結果規劃執行數波掃黑專案，大力檢肅黑槍並掃蕩地下兵工廠，是案情突破的關鍵。 　　刑事局表示，比對「工具痕跡」，可以確認不同來源的改造子彈是否由同一部、同一型機具或同一地下兵工廠製造，有利專案小組採「以物追人」方式過濾線索，先前數波檢肅槍械改造及地下兵工廠的行動，查獲不少改造槍彈，在經過八個多月努力，清查約六百間改造槍彈地下工廠、鑑識超過兩千件改造槍彈送鑑比對，過濾出至少十二件子彈構造雷同案件，終於取得重要突破。