國務機要費偵查終結起訴，可以說是有史以來最具震撼性的司法案件，民間司法改革團體肯定辦案檢察官陳瑞仁落實檢察獨立，也呼籲陳總統請辭負責，但法界也有不同聲音，認為不應該把起訴結果，當作是有罪判決。

　　國務機要費偵查終結，吳淑珍成為司法史上，第一位被依貪污罪名起訴的總統夫人，加上檢方也認定陳總統涉案，因為刑事豁免權的保障，等卸任後再行追訴，但法界認為，陳總統現在就應該要自動請辭。

　　司法改革團體也肯定，辦案檢察官陳瑞仁，沒有受到外界壓力干預，落實檢察獨立的精神，但法界還出現另外一種聲音，就是不應該把起訴結果，當作是有罪判決。

　　國務機要費接下來，要面臨的是審判階段，法治促進會認為，這段時間，利用群眾運動違反法治規則，只會造成動盪，最後還是要回歸到憲政體制的途徑，才能解決問題。