國務機要費偵查終結，雖然綠營內部挺扁聲浪不斷，不過不支持陳總統的獨派人士也不少。九○八台灣國發起人王獻極呼籲陳總統，如果未來一年半讓國政陷入空轉，不如早點辭職下台，跟他一起做台灣國運動。也有學認為獨派團體不應該再一味挺扁，應該暫時對阿扁停看聽。

　　九○八台灣國發起人王獻極不僅是資深民進黨員，也是深綠支持者，對於台灣要獨立建國是他的理念，不過在國務機要費偵查終結後，王獻極對第一家庭的誠信有了質疑，不再像過去毫無理由的支持陳總統。

　　王獻極說了重話，做不好再讓國政空轉就下台。除了團負責人，也有獨派學者認為國務機要費偵查終結，真相並沒有全部還原，不應該對陳總統一味力挺，應該有所保留。

　　保守的獨派團體一向低調的做事風格，即使是對陳總統身陷風波仍是維持挺扁姿態，不過隨著國務機要費的偵查終結，挺扁是否等於保住本土政權，還是拖累本土政權？部分獨派人士已經重新思考這個問題。