針對學者擔心的防疫三大漏洞，金門防疫所表示，目前已經配合規定，補助養豬業者改以飼料餵食，另外，針對金廈通水的防疫隱憂，金門水廠也說，第一時間已經做水質檢驗，未來也會加強消毒作業，希望減少民眾疑慮。 來到金門的豬舍附近隨處都能看見堆置著廚餘垃圾，這樣的環境實在令人擔心豬隻的健康問題，尤其是目前仍有許多業者以廚餘飼養為主，擔心這樣下去，病毒就會透過吃傳染出去，雖然意識到廚餘餵食的危險性，但不僅豬吃的，喝的水也特別注意。 今年八月風風光光，剪彩啟用，當時打著兩岸共飲一江水，如今這水卻成了不少民眾擔心的防疫缺口，就怕引用來自福建泉州山美水庫的水可能會帶著病毒來到金門，金門水廠也戰戰兢兢，強調目前已經針對水質做檢測，接下來還會有更大措施的消毒計畫，只希望水可別出問題，否則這豬瘟防疫網，恐怕真的會出現大缺口。