馬政府與頂新魏家的關係與處理頂新案的做法，在選舉後引起爭議，國民黨立委謝國樑昨天指出，總統府有很大的包袱，包袱背後是什麼可能也可以猜到，也有可能政府選舉的時候拿過頂新的錢，不過也確實可以看出拿人的會手軟。 國民黨立委蔡正元昨天說，選戰期間遇到食品安全的風波，國民黨副秘書長林德瑞，曾打電話給連勝文的好朋友國民黨中常委李德維，要求連勝文不要批評頂新的魏家。媒體問是不是可能馬總統、國安會秘書長金溥聰在背後指示呢？蔡正元說不知道，因為沒證據。針對雜誌報導蔡正元表示，下這個指導棋的人，不是馬英九，或者是金溥聰，那麼還有誰？」蔡正元昨天說，他沒點名是誰。