大選過後，總統蔡英文預告，內閣跟黨務人事要調整，被點名的包括交通部長吳宏謀、環保署長李應元，還有農委會主委林聰賢、經濟部長沈榮津，政院應該要全面改組，對此，交通部長吳宏謀表示，把本分做好，每天壓力都很大，而農委會主委林聰賢也回應，隨時做好打包走人的準備！ 九合一大選後，民進黨內掀起檢討聲浪，總統蔡英文27日預告，內閣黨務人事要調整，對於內閣改組，國民黨立委直接點名，交通部、農委會，經濟部，環保署等，4個部會都應該全面改組，農委會主委林聰賢不戀棧，而環保署長李應元也被認為需要負起責任，空污問題成為民進黨選舉挫敗的原因之一。 普悠瑪事件，交通部長吳宏謀難咎其責，也被點名是內閣改組名單之一，內閣改組黨內黨外聲音多，行政院長賴清德表示，會在適當時機做調整，內閣傳改組鬧得沸沸揚揚，但名單沒出來之前，官員們還是得做一天和尚，敲一天鐘。