吳茂昆接手教育部長，但他上任後，除了面對管中閔的台大校長爭議，還有高教問題、大專院校過剩、如何有效退場等等，一連串挑戰、都在等他。 中研院院士吳茂昆，接任教育部長，68歲的吳茂昆，擁有淡江大學物理學碩士，美國休士頓大學物理博士，儘管學經歷十分亮眼，但一上任就得面臨，一連串挑戰，台大校長遴選風波持續延燒，在卡管風頭上接下燙手山芋，能不能盡快有答案，吳茂昆也有信心。 除了卡管案，高教問題也非常迫切，包括高教數量過剩、大專院校如何退場，人才外流跟少子化問題，都得一一解決，從1961年開始，57年內換了22位教育部長，只有3位沒有博士學位，可見台灣對於高教的重視，外界看好吳茂昆能有效處理高教問題，正視卡管風波關關難過關關過。