新任教育部長吳茂昆還沒上任，就被藍營議員參選人查出曾到中國科學院顧問，2004年擔任國科會主委期間，甚至在大陸"西部超導"國防軍用公司當技術顧問，恐怕違反兩岸人民關係條例或國家機密保護法，一早到台北地檢署按鈴申告，另外台灣北社也同步召開記者會，力挺吳茂昆的學術地位，相信吳部長上任前應該會出面說明。 四名北市藍營議員參選人一早在台北地檢署按鈴告發，新任教育部長吳茂昆曾擔任中國科學院顧問，違反兩岸人民關係條例，藍營炮火猛烈緊咬吳茂昆不放，拿出照片指控吳茂昆，2004年國科會主委任內還兼任大陸"西部超導"國防軍用公司，當技術顧問，但吳茂昆在17號晚上發聲明表示，這完全是莫須有的指控，從來沒有去過這間公司，更沒有接受過任何這間公司的職務，我2004年還在國科會，不可能去接任何中國的職務，面對接連不斷的爆料，台灣北社站出來力挺吳茂昆。從準台大校長管中閔上任爭議，造成前教育部長潘文忠自行離職，台灣北社成員表示遺憾，但相信吳茂昆不會迴避，一定會出面說清楚。