教育部長吳茂昆今天(29日)傳出請辭獲准的消息，行政院長賴清德下午到立法院時，針對外界質疑「是不是他出手止血？」賴清德表示：「吳茂昆部長在上個週末，透過卓榮泰秘書長口頭向我請辭，今天早上我們兩個人通過電話，我贊成他要以一樣的標準檢驗自己的理念，因此我接受他的辭呈。」 賴清德說：「2005年10月，吳茂昆是國科會主委，他向行政院請假，出席當時在中國舉辦的兩場國際會議，他在參加完第一場，在蘇州所舉行的國際學術會議之後，他應恩師朱經武教授的邀請，利用週末前往浙江，再參加由香港科技大學以及浙江大學共同舉辦的國際學術高峰會，在這場高峰會中，除了朱經武教授以外，也有國際的諾貝爾獎得主，還有各國的科技政策負責人。 賴清德說明：「吳茂昆一直到最近才知道，兩場國際的研討會，當時行政院只准第一場，不過他認為他身為教育部長，應該要用同一個標準，甚至更高的道德標準來檢驗自己，他希望辭去教育部長的職務，止住紛爭，讓教育部的工作也能順利推展。後續在吳部長請辭之後，先由次長代理，繼任的人選我們會擇期再跟社會大眾報告。」