吳內閣才上任，就面臨國民黨內強大壓力，黨主席吳伯雄要求政務官參選中央委員，但包括國防部長高華柱、教育部長吳清基都以行政中立為由，拒絕參選，更造成吳敦義與吳伯雄關係緊張。 　　

吳敦義院長一早視察南投，看到媒體表情有點尷尬，還是勉強停下腳步，因為27日國民黨中央委員選舉，傳出被提名的12位內閣首長有意退選，這讓國民黨中央很不滿，吳敦義親自滅火，強調涉及國防、外交、國安情報等部門首長，原本就沒有提名，其他首長要不要選，尊重個人意願，而事件的引爆點就是國防部長高華柱，被黨中央提名角逐中央委員，但這明顯違反軍隊國家化，高華柱大動作開記者會宣布退出。 　　由於高華柱是在劉內閣退輔會主委任內被提名，接任國防部長後緊急喊停，就連教育部長吳清基乾脆也不選了，剩下十位現任閣員，是否引發連鎖效應，國民黨主席吳伯雄眼看吳內閣興趣缺缺，罕見的說出重話。 　　政務官以行政中立，傾向退出黨務活動，加上八八水災重建工作，要官員拜票爭取黨員支持，更擔心被外界抨擊，但國民黨中央，卻強勢要求官員參選中央委員，這也引爆吳伯雄與吳敦義，雙吳關係緊張，夾在中間的首長們也只能無奈等待化解。