吳內閣上任不到一個星期，就爆出關說疑雲，中選會委員趙叔鍵爆料，民國96年，當時的立委吳敦義曾打電話給他，要求在南投立委參選人林明溱資格審查中放水，涉及關說。

一上任就強調行動內閣執行力，吳敦義災區台北兩頭跑，只是新內閣就位不到一星期，身為院長的吳敦義，就身陷關說疑雲。 　　中選會委員趙叔鍵爆料，民國96年當時的立委吳敦義打電話給他，要求在立委林明溱資格審查中放水，涉及關說護航，林明溱因為賄選案被判緩刑，在法務部解釋後仍然具有參選資格，卻扯上吳敦義關說，讓新聞局長蘇俊賓一早忙的滿頭汗，忙著出面解釋，蘇俊賓斬釘截鐵否認院長打電話關說，字字句句說的特別小心，就怕新內閣還沒站穩就受傷害，而被扯進關說疑雲的立委林明溱則是氣到跳腳，揚言要對爆料的趙叔鍵提出告訴。 　　林明溱用最強烈口氣，強調自己資格絕對沒問題，爆料的趙叔鍵卻是一個上午手機關機，由親民黨推薦的他，這時跳出來指控吳敦義，到底有什麼動機，還是有進一步證據，只有他本人出面說明才能澄清。