高鐵鉅額虧損不但宣告BOT案失敗，也有不少人懷疑其中涉及弊案，行政院長吳敦義被立委問到這個問題，他表示，不會讓殷琪一走了之，而台北地檢署也已經分案調查，不排除約談殷琪等高鐵原始股東。