馬英九遭起訴，震憾政壇和法界。因為在檢察官侯寬仁的起訴書中，認為馬英九明知特別費是公費，卻據為己有。不過馬英九的辯護律師宋耀明表示，這些論斷邏輯大有問題。

　　查黑中心檢察官侯寬仁在陳瑞仁和北檢檢察官周士榆的陪同下出面，強調偵查內容由他們共同負責，不過前台北市長馬英九被依貪污起訴，不只在政治界引發震撼，連法律界也議論紛紛。侯寬仁在起訴書中表示，馬英九長期擔任公職，因此理應知道特別費是公務支出，認定有主觀犯意，不過馬英九的律師強調應該由客觀事實來論證。另外起訴書第二頁表示，是馬英九使會計人員陷於錯誤，因此有施行詐術將公款據為已有的事實，不過律師質疑，是長期以來的會計模式，才會造成這種結果。

　　由於到底馬英九有沒有主觀犯意，以及故意詐取財物，是判斷是否涉嫌貪污的重大關鍵，因此檢察官侯寬仁在起訴書中的邏輯論斷，以及辯護律師的相反見解，將成為未來法庭上爭論的焦點。