對於總統元旦祝詞，也引發政壇議論。國民黨主席馬英九再度批評陳總統所提的兩岸政策，根本是討好台獨基本教義派，而許多泛藍立委，也認為總統是走回頭路。 　　國民黨主席馬英九，繼昨天要陳總統醒一醒後，砲火再度對向總統文告中的兩岸關係。黨主席轟完，國民黨立委也召開記者會，痛批賀詞內文，要總統別再召開二次經發會。國民黨罵完，換親民黨繼續罵，抗議總統的新憲公投，親民黨立委說，未來一定抵制任何民進黨修憲的會議。 　　藍營立委罵了一整天，反正是逢扁必反，總統祝詞，讓他們又有了大作文章的機會。