除了爭議票，在驗票過程中也出現選舉人名冊不符的情況。台中市一個票匭的選舉人名冊在昨天驗票時不翼而飛，法官一早就到選委會，還好在公投票箱裡找到了選舉人名冊。台中法院上午，有一位老先生企圖衝進驗票會場，說要看驗票，結果被警方攔了下來，請了回去。 　　為了尋找遺失的選舉人名冊，法官一早直搗市選委會，撕開選票存放處門上的封條，裡頭一箱又一箱的公投票箱堆積如山，找了老半天，終於找到編號第126號的公投票箱，因為消失的選舉人名冊很可能就放在裡頭。法官小心翼翼打開紙袋，沒想到拿出來真的就是總統大選的選舉人名冊，所有人鬆了一口氣，趕緊再貼上封條，把名冊護送回法院。 　　同樣的情況也發生在苗栗，第一天查出的405張幽靈選票，也是被錯放在公投票箱裡。而為了讓藍綠陣營審閱以經驗過的選舉人名冊，台中地方法院更是首開先例，騰出一間會議室，把驗過的選舉人名冊影印讓雙方陣營核對。第一天驗票的工作順利，甚至進度超前。不過有一名男子上午跑到地方法院鬧場，直嚷著說要監看驗票，員警請他請不走，最後只好把他架離現場。