中部地區320開票，陳水扁得到1533915票，連戰1497168票，無效票有88179票。這一次被視為關鍵地點，包括台中縣和雲林縣，選前藍營評估都應該大贏，結果卻都輸了，因此藍營這次緊盯著這幾個點，一天下來各地都有爭議票，台中市有164張，而且這些都是投給一號陳水扁的，彰化也有100多張，而雲林縣的廢票這次居全省之冠，結果驗票之後，也有100多張的爭議票，其中元長鄉有一個票櫃竟然有40多張的爭議票。 　　藍營張榮味全力輔選的雲林縣在這次總統大選中大輸，連宋足足輸給扁呂九萬多票，而廢票有一萬六千多張，比例是3.98%居全國之冠，因此驗票過程，藍綠律師緊盯每張選票，結果光是元長鄉就有一個票櫃有多達四十張的爭議票。 　　和雲林以濁水溪之隔的彰化也有100多張爭議票，而台中市這次也贏的少，結果一天下來有一百六十四張的爭議票，大部份都是一號的票，爭議票最多的都是重複圈選，也就是在同一組候選人中蓋上兩個章，另外南投也有100多張爭議票，最少的是花蓮爭議票比較少，都不到20張。