藻礁保衛公投將在12月18日展開，要求三接案得遷至離岸5公里外的海域，然而經濟部卻在三接外推環差會議前，搶先發布新聞稿並召開記者會，主張經專家以科學方式評估，認為再外推方案，對於海床的影響不到2%，經濟部政務次長曾文生說：「事實上我們已經離開了藻礁的範圍，不管是生態的，或者是有人主張它是地質的，就是藻礁的影響其實都大幅減少。」

另外，對於民眾質疑，政府一方面主打減碳能源，但使用天然氣的排碳量，其實也很大，對此經濟部這樣回應，經濟部政務次長曾文生說：「天然氣也是化石燃料的一部分，但它是燃煤發電排碳量的一半，需要透過一些低碳的燃料來橋接。」另外經濟部也強調，若三接砍掉重練需要再耗11年重新評估，到時將減少137億度電的用量。

但針對經濟部的說法，環團也有話要說，藻礁公投領銜人潘忠政說：「他們的前提一開始，就沒有要保護珍貴的藻礁。」雙方依舊各說各話，預計在三接外推環差會議中，可能會再次交火，但也期待能找出共識，盡量在環保和經濟發展中找出雙贏的模式。