因應疫情三級警戒延長，台鐵局宣布，6月9日到14日期間，也將停駛平日各級列車71列次、假日各級列車91列次，並取消原端午連續假期加班車120列次。

台鐵局表示，為配合中央疫情指揮中心全國疫情三級警戒延長至6月14日，並評估疫情期間旅運需求，將於110年6月9日起至6月14日止，再停駛平日各級列車71列次、假日各級列車91列次，並取消原端午連續假期加班車120列次。另配合易遊網營運之環島之星觀光列車停駛至6月30日止，爰1次、2次及502次停駛至6月30日止。

為配合防疫需求，台鐵局指出，5月18日起已調整票務系統配座程式，採交叉式配座方式售票，在座位充裕狀況下，單人乘車將優先販售靠窗座位，鄰座暫不予發售；雙人以上乘車考量親子、需照顧之年長者等需求，仍發售相鄰座位為原則。另5月25日起再調整針對列車座位利用率較低之車次及無同行之旅客，依分散旅客座位、維持適當間距之原則販售列車座位。

台鐵局提到，依據中央流行疫情指揮中心110年5月11日公布事項及交通部110年5月14日交路字第11050060721號公告，因應疫情發展，5月15日至6月14日台鐵局各級對號列車(太魯閣號、普悠瑪號、自強號、莒光號及復興號)禁止站票(無座)搭乘，持用定期票或悠遊卡、一卡通等電子票證旅客，請搭乘區間車或區間快車，站票(無座)搭乘對號列車，台鐵局將予勸導請其下車，勸導不聽者，將移送鐵警局交地方衛生單位裁罰。

因列車停駛而受影響的旅客，台鐵局說，將會協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已購票旅客則不限搭乘區間，均可自票面乘車日起一年內，持原車票至台鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費；已完成網路付款未取票之車票及台鐵e訂通退票之車票，手續費由台鐵局統計批次退款；已購妥端午連假期間車票旅客，請再確認所乘車班次是否有變動，提前辦理退票或變更班次。