台灣這一次疫情擴大，有人將矛頭指向當初機組人員的3+11管理措施，也就是縮短檢疫隔離的時間。疾管署在立院表示，當時是做了疫情指揮中心跨組討論，主要是考量外站管理嚴格、還有顧及機組人員的身心狀況，才能保障飛航安全。另一方面，6月12日開始，如果沒接種新冠疫苗的長程航班機組員，就得調嚴，成為5+9「加強版」自主健康管理的模式。

台灣這一波疫情爆發，不少人將矛頭指向當初機組人員的3+11管理措施，31日上午疾管署在立院回應，當時是做了疫情指揮中心的跨組討論，但「並沒有作成會議紀錄」，而當時會有這樣的調整，主要是有幾個原因，包含第一點，外站「零接觸」管理，也就是到外站後快速通關、搭乘專車至防疫旅宿，住宿限同樓層且一人一室、禁止離房等規定，二、機上全程防護，像是全程佩戴口罩，設置組員專用廁所、避免交談等等，三、返國後居家檢疫採檢與自主健康管理等措施，四、交通主管機關有落實外站「零接觸」管理，外站違規案件數也有減少，第五點也是關鍵，就是機組員身心健康評估。

疾病管制署副署長莊人祥說：「多次表達已經遵守了這些規範，但是還是長期處於，所謂的檢疫執勤檢疫的輪迴，所以他們認為說，這些就會嚴重影響身心狀況。」，但所有規定都得滾動式調整，因此從6月12日起，如果沒接種新冠疫苗的長程航班機組員，就得調整成更嚴格的5+9加強版自主健康管理模式，誰都不希望疫情擴大，接下來就是拼疫苗施打，希望可以讓各行業的風險都降到最低。