持電子票證搭乘台鐵票價可享區間車價九折優惠，開通六年來，單日使用量從兩萬八千多人次衝高到現在每天廿五萬人次，使用率近四成，極受歡迎；但收入至少少一成，加上還須付給電子票證廠商清分費，財務負擔沉重，台鐵正研議取消九折優惠，最快明年春節前實施。 此外，西部幹線多卡通後，恐出現長程自強號「逃費」漏洞，以北高為例，刷卡比購票大省三百五十五元。台鐵擬限制多卡通搭自強號里程七十公里，若台北站上車，最遠僅能到新竹新豐站，其餘車種則不限。