健保署推行「個別醫院總額」新制上路後，中南部醫院傳出有醫生在開藥時，電腦系統會跳出提示，請醫師優先選用價差高、利潤高的藥品，依照成本考量用藥，不過實際詢問民眾，覺得只要藥有療效都可以接受；另外，健保署也表示，新制讓醫院限制門診數量，能讓醫師有足夠時間能夠診治較高難度的病人，落實分級醫療。

病人到醫院看診，拿藥進行療程，不過在健保署推行個別醫院總額新制後，現在中南部的醫院，傳出有醫生在看診開藥時，電腦系統會替藥物做標示，並請醫師優先選用，價差高利潤高的藥品，要考量醫療經濟學的成本效益，對於這個現象。

不過其他藥物有原廠藥和學名藥之分，有的患者也會擔憂，效果是否有所不同，民眾說：「如果藥比較好，比較貴沒關係，一定要先了解說學名藥跟這些原廠的藥，它的差別是在哪裡。」

除了藥費，醫院的年度健保點數，也被要求不可以超過前一年，超過將打折甚至不給付，多看病人等於做白工，拿不到診療費，門診人數恐怕因此受限，病人會掛不到號，還傳出台北可能要漲掛號費，不過院方出面否認。

台大醫院醫務秘書陳彥元說：「沒有一個以院方的出發點來說，你們要限制掛號或者怎麼樣，調漲掛號費這件事情，沒有沒有，目前沒有這樣的計畫。」院方沒有要限制掛號，調漲掛號費目前沒有這樣的計畫。

健保署署長石崇良說：「學有專長的醫師能夠專注於，診治比較(有)難度的這個病人，讓醫師有充足的看診時間，那麼落實這個分級醫療。」個別醫院總額新制上路，是否影響民眾就醫權益，還得持續觀察。