雖然現在國內還有選票認定的爭議，不過在中選會完成公告後，美國白宮也對陳總統和呂副總統發表祝賀聲明。不過美方強調，希望台灣利用法律程序、和平解決選舉爭議；避免訴諸暴力。而中共當局則表示，美國的做法錯誤，堅決反對美國干涉內政。

　　台北時間凌晨兩點，白宮網站上發出祝賀聲明，聲明是以布希總統新聞祕書的名義發出，首先祝賀陳水扁和呂秀蓮勝選連任，接著又指出選舉結果仍有懸而未決的司法挑戰，美方反對以暴力解決爭議。接著國務院也說明美方立場，但始終都不用【祝賀】的字眼。美方用詞謹慎，但還是激怒中共，觀察家說，北京當局對於扁政府的容忍度降低，以後會有更強硬的發言。