立委林瑞圖控告陳水扁涉及彩券弊案，在選舉結束後，恐怕因為陳水扁的當選，面臨偵辦上的困難，由於國家元首除了內亂外患罪之外，具有刑事豁免權，再加上承辦檢察官即將調職，彩券弊案至少要在四年後才能重新偵辦。

　　總統當選人陳水扁在彩券弊案中的筆跡鑑定結果，雖然已經送到台北地檢署，不過，陳水扁在選舉期間遭到各陣營的控告，都將因為他即將成為國家元首的身分，所有案件都將停止調查。

　　雖然到五月就職前，陳水扁還不具有元首身分，如果有確實證據，檢方還是可以予以起訴，不過湊巧的是，承辦彩券弊案的檢察官姜貴昌即將調升澎湖主任檢察官，這個案件勢必在五月前無法完成調查工作。