對於F-16戰機發生意外，行政院長蕭萬長要求各軍種檢討目前的訓練及管理。蕭院長說、二代兵力都是相當尖端的武器，但有好的武器，更要有現代化的訓練，F-16戰機在澎湖外海發生意外，消息傳到立法院後，讓正在議場內備詢的行政院長蕭萬長，面色更加凝重，應立委要求，蕭院長兩度說明了軍機意外的最新狀況，並強調，這種意外牽涉到國家安全，各軍種都應該加強訓練管理及檢討。

　　朝野三黨黨團也要求國防部要徹底檢討飛安訓練，新黨表示，二代兵力整建，投入了相當龐大的國防經費，發生意外，顯示內部訓練出了嚴重問題，民進黨則指名要求撤換國防部長，並成立國防改造委員會，否則將罷審下年度總預算。