繼大陸學歷問題後，蔡璧煌再度卯上了教育部長吳京，這次為的是史丹佛大學語言中心，遭到教育部刪除補助款項的事，吳京說，史丹佛語言中心已經喪失補助的條件，不過蔡璧煌認為，這對我外交會有不良影響。過去，到史丹佛語言中心學中文的外國人，包括了外交人士，但近年來，史丹佛語言中心，已經和一般語言中心沒有兩樣，使得教育部決定刪除每年對他的八百萬補助預算，這卻惹來革命實踐研究院主任蔡璧煌的抨擊。

　　吳京說，這樣的語言中心到處都有，不能獨厚台大，編列預算。由於這是繼大陸學歷認證問題之後，蔡璧煌再度抨擊吳京政策，正值內閣準備改組的敏感時機，也引來不少揣測，，吳京說，撤不撤換他，決定權都不在他自己，因此現在，他只想全心作好教改工作。