有學者擔憂台灣基因資訊外洩中國，恐怕引發生技產業、國安危機，如今傳出中國「華大基因」透過國內多家代理商，將基因檢測工具，以低價的方式滲透全台200多家婦幼醫院或診所，就連北市聯醫也淪陷。對此，衛福部聲明澄清，本院所屬醫院都沒有使用華大基因的檢測工具，未來採購流程也將納入稽核機制，至於行政院副院長鄭文燦強調，基因屬於個資，除了加強防範之外，由於基因涉及國家安全，不該中國進行。

婦產科醫師拿著儀器，為懷孕婦女進行超音波檢測，不少媽媽會透過產前檢測，檢查寶寶是否有先天性疾病，但傳出中國「華大基因」，透過國內多家代理商，將基因檢測定序工具，以低價的方式滲透北市聯合醫院等，全台200多家醫療院所，外界擔憂，台灣基因資訊恐怕外洩中國。

新光醫院婦產科醫師李毅評說：「醫院本身的病例系統，或者是生技公司的病例系統，我們都會經過這個，不管是醫療法還是個資法，還有我們現在的分子檢驗實驗室LDTS的法規，它都有嚴格規範所有病例的保存，基本上這除了病人本人來申請之外，不太可能有外洩的可能性。」

對此北市聯醫聲明澄清，未使用華大基因機台等任何相關產品，食藥署則表示華大基因，如果是透過「診斷試劑」進口，必須經過食藥署檢測通過，但只負責產品效用品質安全把關，如果是透過「特管辦法」由醫院直接進貨，則由「醫事司」負責督導執行面，衛福部聲明澄清，所屬醫院都沒有使用華大基因的檢測工具，未來採購流程也將納入稽核機制。

中研院客座講座吳金洌說：「(基因資訊外洩)一個是國安面一個是產業面，基因的資訊經過大數據整理，那麼可以對生技新藥的研發，這個是最重要的依據。」行政院副院長鄭文燦說：「台版的「華大基因」出現，基因的定序不應該委由中國的公司進行，基因的蒐集保存跟使用，必須符合規範。」

專家示警，基因資訊除了涉及隱私，恐怕造成生技產業國安等問題，呼籲政府單位全面清查中國機台數量，並禁止使用中國機台解決相關問題。