普悠瑪發生翻車事故，讓台鐵修改SOP。根據新的SOP，只要列車上前後兩端ATP，有一端故障或異常就不能行駛，但有司機員爆料，4月30日出車前發現南邊ATP黑屏故障，卻被主管以列車北上不會用到為由要他繼續出車，僵持到最後才臨時更換編組讓列車延誤。當司機員把事件回報到工作群組時，主管卻說局長和車屬段長，因為延誤事件打電話罵人，責怪他不夠通融，事後事件在網路上發酵，台鐵回應並未責怪司機，反而還給司機敘獎。

2018年普悠瑪列車在蘇澳新馬站意外出軌翻覆，法院判定主因是防止列車速度過快的，列車自動防護系統ATP遭到關閉，列車超速行駛釀禍，台鐵在此之後也建立新的SOP，不管是前端還是後端，只要有故障就得更換編組，並且不能行駛這台列車，沒想到卻有司機員控訴，4月30日這天當事司機員要開EMU3000，從屏東潮州北上，卻發現交接本上前一天的日期寫著ATP無法開啟黑屏只剩游標，當事司機員要求更換編組，但調度員卻沒下行車命令，一直到要開車時才又臨時更換編組，導致列車因此延誤30分鐘。

沒想到當事人事後在群組反映，主管卻說局長和車屬段長打電話來罵，建議他下次要通融一點，台鐵企業工會秘書吳長智說：「當天晚上(4/29)才聯繫的情況下，可能在現場的一些主管有一些落差，以至於當天晚上沒有及時的處理好，台鐵局的ATP的使用系統裡面，我們都有遵章辦理，只是在會後討論的過程當中裡面，造成司機員的不滿。」

台鐵也回應，局長在接獲反映後就電洽綜合調度所了解原因，對於未及時修復列車和更換編組，也責成機務處追究相關主管，對於司機員依規定更換編組也予以敘獎，台鐵企業工會秘書吳長智說：「ATP故障的情況下，司機員還有他的SOP就是限速60(公里)，有沒有停靠站，(停靠站)裡面要跟司機員對話。」遵守SOP卻被主管責罵，司機員難免心情不愉快，但ATP故障未及時修復，也讓人質疑台鐵在鐵路安全維護上，是不是螺絲又鬆了。