兩岸情勢持續僵持，在我國各項國防自主計畫中，中科院承擔了很重要角色。不過現在卻有中研院離職員工向周刊爆料，在空軍「鳳展專案」地空通訊升級跳頻案中，疑似有立委辦公室主任關說，逼著軍方修改規格，接受較低價的劣質品，而且類似情況還不只一件。立法院外交國防委員會的召委趙天麟也說，自己經過軍方管道查證，發現投訴者揭露的採購弊案，是「確有其事」。

141架F16戰機，透過鳳展專案升級為F16V，現在卻被爆出其中地空通訊升級跳頻案，軍方被逼著挑上劣質品，立委趙天麟說：「從我看到的這些資料裡面，我覺得國防部應該在這件事情上詳加調查。」，召委間接證實，周刊更接獲中科院離職員工爆料，本來軍方編列早就編列54億元預算，最後修改規格以35億元低價承攬，遷就投標公司，過程中還有國民黨立委辦公室主任，向中科院施壓，這位立委疑似就是馬文君。

立委馬文君說：「得標是因為它有美國的...認可的...，就是它拿到的是美國認可的，真的不需要我們辦公室去幫忙，根本不需要，而且它不是降價它沒有降價，他們爆料的時候都自己不清不楚。」，立委江啟臣說：「這個爆料請具體指明那就直接去檢舉，一律查辦這也不分黨派。」，中科院暫時沒有回應，但除了採購問題中科院過去還被審計部點名，在人事任用上沒有利益迴避，立委曾銘宗說：「中科院官員跟他親戚在外面開公司做生意，這很嚴重，我在國防委員會質詢要求它必須訂定相關的規範。」，隨著中科院對於國防自主的角色越來越吃重，也連帶受到更多檢視。