最近陷入內湖開發案爭議的慈濟，剛宣布要退出開發案，沒想到又被爆出，台南市府包庇慈濟，讓慈濟在台南的中、小學，不用繳土地租金，每年市府代繳800萬，到現在已經代墊6000多萬，跟其他要自行繳出金的私立學校相比，顯得很不公平。市府解釋，這是當時簽訂的合約，不過有市民反應，感覺上慈濟在台南就是有特權。 慈濟辦學校就能有特權嗎？學界再爆，台南市府和慈濟簽訂不平等合約。民國90年當時的市長，依獎勵民間興學自治條例，跟慈濟簽約，在安平區的兩塊地，由慈濟蓋中小學和高中，同意代付一年800多萬土地租金，從96年慈濟完工招生，到現在市府代繳6000多萬租金，有其他私立學校質疑，為何只有慈濟能減免，別人都不行？ 對於爭議，台南市民也跳出來反應，這樣獨厚慈濟，很不公平。感覺不平的還有屏東內埔鄉的民眾，穿著諷刺慈濟的T-SHIRT，還帶著好幾把假鈔，在潮州的慈濟精舍，表達不滿。最近才因內湖開發案被強批，惹出爭端，如今又能免繳土地租金，是不是有特權，在小市民心中也有了評斷。