慈濟的負面消息，最近幾乎是每日一爆，網路上更有人整理十大爭議，包括了財務不透明，還有制服分階級等等，不過其中大家最為關注的還是內湖開發案，專家質疑這開發案背後還牽扯許多商業利益。對此，慈濟在網路上一一澄清，表達委屈。 幾天前環保團體抗議，要求慈濟不准來，除了對於保護區開發的不捨，更讓許多人擔心，慈濟是不是已經變成了利益團體，難道不怕其他人跟著這樣的模式，把不能變成可以。對此，慈濟在網路回應，表示過去十年間，臺北地區至少已有38個保護區獲准使用，包括文化大學、陽明大學等，學校所屬的部份土地都為保護區，至於其他保護區做為公共建設的案例也不斷被核准，其中還不乏真正商業用途的，他們並不是第一例，也不會成為領頭羊。 不過要是一旦成立慈濟內湖基地，背後接著還有許多問題。商機無限，更讓許多人懷疑這背後有沒有更多利益牽扯。慈濟回應，這裡因為近高速公路及快速道路系統，要救援交通方便，也有利於動員志工，不過由於地處敏感，看來這爭議短期之內不會落幕。