造價近新台幣15億元的海研五號研究船，國慶（10日）當天在澎湖龍門外海，發生船難，船上45人至凌晨0時25分已全部被救起，但其中二名研究人員獲救後已無生命跡象，送往澎湖三總緊急搶救仍宣告不治，死者分別為，中研院研究員許世傑、國研院海洋科技研究中心研究人員林怡君。 　　目前獲救的18名傷者中大部分為挫傷和失溫，5名傷者住一般病房，13名急診留院觀察，其中5名住院名單為，陳雅琴(船副)、黃余發(船長)、賴長正(船上大廚)、游婉玲(海大環太所技術員)、許祖雄(輪機長)，另有25人未受傷也未送醫，澎湖縣政府提供澎湖勞工育樂中心留宿。 　　交通部長葉匡時11日凌晨2度開記者會，葉匡時表示，該船確定是機械故障導致觸礁沉船，44名獲救人員中有5名是由直升機救起，39人則是由船救起。 　　航港局長祈文中表示，該船在今下午5點36分發出求救訊號，並回報機械故障，海巡署立即馳援，晚間7點46分船艙滲水開始沉船，晚間8點02分船沉了3/4，8點11分船全部沉沒。 　　國防部5點45分接獲通報後，立即下令救護隊出動直升機2架、海軍成功艦1艘執行救援任務，不過由於海象不佳，一度人員無法吊掛。 　　直升機6點04分到達，海巡署的船6點52分抵達，海巡署表示，花1個多小時抵達主要是海象非常差，接獲求救時第一時間先通報國搜中心派直升機搜救，海巡署船艦也立即出動。，巡署表示，晚間11點28分發現救生筏上有7人，1女6男，今凌晨0點23分全部救起。 　　晚間7點14分國防部再度接獲回報，得知科研船船隻已傾斜，船上人員集中待援，國防部參謀總長高廣圻上將即進駐衡山指揮所，海、空軍司令亦分別進駐戰情中心，全面啟動救援機制。 　　軍方接獲國家搜救指揮中心請求協助後，立即由空軍派出S-70C、EC225直升機前往救援，並再派一架C-130運輸機空投照明彈，但因海象太差，霧氣太重，照明彈無法發揮效用，直升機也無法靠近，海軍則是派出4艘船艦馳援，包括成功級飛彈巡防艦（FFG1105）繼光軍艦、成功級飛彈巡防艦（FFG1107）子儀軍艦、大字型救難艦（ATF553）大漢軍艦、錦江級飛彈巡邏艦（PGG614）鄱江軍艦。