總統府花2年時間清查，發現民進黨執政八年，竟然有3萬6千多件公文，以及外交秘抄不知去向。其中陳水扁辦公室，遺失公文1萬4千多件，另外還有林佳龍，呂秀蓮和蘇貞昌等人，都有很多文件沒有歸檔，馬總統對這件事相當生氣，將全案交給監察院查辦。 　　2年多前特偵組大動作，搜索陳水扁辦公室，搬出一箱又一箱公文，沒想到紙箱中裝的，竟然很多都是從總統府，帶出來的文件，後來總統府清點核對前五長辦公室的收文紀錄，還有檔案歸檔資料。發現不得了，竟然有高達3萬多件公文都不見了，其中又以前總統陳水扁辦公室最誇張，未歸檔文件有1萬4千多件。還有前副總統呂秀蓮、前秘書長蘇貞昌都被點名。 　　蘇貞昌話說的很重，強調公文流程怎麼歸檔，都有專人在管，把問題推回總統府。只是這些公文，幾乎都是外交部祕抄，和一般文件不同，內容都是涉及重要外交敏感機密。離職時，應該要自行銷毀或歸檔，公文人間蒸發到哪去了，包括陳水扁呂秀蓮等17人，都將被移送監察院查辦。