對於3萬件公文沒歸檔，還將相關官員移交監院調查，綠營質疑、在民進黨總統初選之際，府方公佈這個消息根本就是政治清算。去年，總統府爆發公文外洩，當時的特偵組到扁辦搜出的數十箱公文影本，通通帶回特偵組偵辦，現在府方指控阿扁有高達一萬多件公文沒有歸檔，扁辦駁斥在政治清算。 　　多位綠營前朝高官，前府秘書長蘇貞昌、前副總統呂秀蓮都被點名公文未歸檔，正在角逐民進黨總統初選的蘇貞昌，回應說當時公文繳交一切依法處理，府方大動作投下震撼彈，就怕衝擊綠營的黨內初選，綠營立委很不滿，點名馬政府當時上任的點交委員出面說清楚，綠營反咬當時點交委員沒有進到移交責任，雙方攻防恐怕還有的吵。