這場大地震，也讓全台三百四十所學校受災，金額高達二億七千多萬元，毀損最嚴重的首推台南縣玉井國中，鋼筋都被震到爆裂外露，有三棟教室列為危險校舍，今天一、二年級停課，另外還有美濃的龍肚國中，自然科學教室裡頭的所有化學藥劑全都打翻碎成一地，學校還要找來專業清理，就怕學生會不小心中毒。 　　監視器拍到地震當時，學校大樓劇烈搖晃，磁磚像是用噴的，批哩啪啦瞬間掉下來，再換個角度，來到學校中庭，五支柱子就像是被啃過的玉米，只剩下柱心，學生看了都說好害怕，整間校舍經過勘驗後，國中一年級和二年級的教室，全都嚴重受損，列為危樓必須停課。另外來到美濃的龍肚國中，自然教室裡面櫃子整個被震開，裡頭裝著化學藥劑的瓶瓶罐罐，全都打翻碎在地上，最可怕的是這間老師辦公室，櫃子倒下壓到桌子，還好當時沒有老師坐在位置上。同樣令人嚇破膽還有六龜中學，學校裡面通通也是亂七八糟，從地圖距離來看，因為玉井距離十五公里，美濃距離二十五公里，六龜距離十公里，因為都離甲仙震央非常近，所以受損也最嚴重。這場地震，全台一共震損三百四十所學校，比較嚴重的，包括嘉義縣的立仁高中、興華高中，台南縣的玉井國中、左鎮國小、楠西國中，高雄縣的六龜國高中小學、龍肚國小、廣興國小，造成八名師生輕傷，除了玉井國中部份停課外，其他照常上課的學生都得擠在走廊，甚至在操場上課，學生們膽顫心驚，都上了一堂真實的地震逃生課。