這場大地震，也讓全台三百四十所學校受災，損失高達二億七千多萬元，毀損最嚴重的是台南縣玉井國中，鋼筋都被震到爆裂外露，有三棟教室列為危險校舍，今天一、二年級停課，明天起要暫時借用玉井國小上課。 　　監視器拍到地震當時，學校大樓劇烈搖晃，磁磚像是用噴的，批哩啪啦瞬間掉下來。再換個角度，來到學校中庭，五支柱子就像是小火山噴發，瓷磚全往外噴，還好沒砸傷正要經過的老師，學生們直到現在心裡還是怕怕的，地震過後的玉井國中，主要的水泥樑柱脫落鋼筋裸露出來，整間校舍經過勘驗後，列為危樓的國中一年級和二年級教室，怕有崩塌危險只好停課，校方打算借用鄰近的玉井國小上課。 　　這場地震全台震損三百四十所學校，比較嚴重的包括嘉義縣的立仁高中、興華高中、台南縣的玉井國中、左鎮國小、楠西國中、高雄縣的六龜國高中小學、龍肚國小和廣興國小，造成八名師生輕傷。除了玉井國中部份停課外，其他照常上課的學生都得擠在走廊，甚至在操場上課，學生們膽顫心驚，都上了一堂真實的地震逃生課。