邱小妹妹被判定腦死以後，台北市長馬英九聽到了這個消息，心情也相當沉重，表示已經把他當作是自己女兒一般，相當難過，表示已盡全力，而小妹妹的後事，馬英九也表示台北市政府會全力負責。 　　一聽到邱小妹妹被宣告腦死，台北市長馬英九心情相當沉重遺憾小妹妹的生命如此短暫，眼眶泛紅的馬英九希望大家可以從邱小妹妹身上學到教訓而台北市社會局官員也在第一時間趕往台中，為家屬安排小妹妹後事，目前家屬同意將小妹妹的器官遺愛人間，肝葬將捐到高雄長庚醫院，腎葬則捐台中榮總，至於心臟尚未找到合適受贈對象，而因為家人希望小妹妹可以認得回家的路，所以眼角膜並不捐出。