負責兩岸民間交流的海基會，近年因兩岸關係急凍，也被稱為「冷衙門」，但在2025年陸委會捐助給海基會的兩岸中介事務經費，卻暴增4成、也就是7000多萬，達到近2.6億元，而海基會編列預算也較去年成長六千萬，讓藍委批評浪費預算，不過這錢是用在哪引發討論？原來增編2千萬人事費用，主要是配合政府提高公務員薪資以及人員晉級使用。

記者張至人說：「疫情過後兩岸交流冷凍，海基會也被戲稱為冷衙門，但明年度的預算，卻大漲四成引發關注。」翻開陸委會2025年預算書，其中捐助給海基會，辦理兩岸中介事務的經費，相較前一年增加7521.5萬元，達到近2.6億元漲幅超過40%，海基會本身預算也成長6千萬元，而其中的2000萬，屬於勞務支出，立委(國)李彥秀說：「民進黨僵化的意識形態如果不改，包括陸委會、海基會編列再多的預算，也都是浪費民脂民膏繼續養冰宮。」

增加的預算一大部分拿來付薪水，讓在野黨立委不以為然，海基會解釋，增加的人事支出，主要是考績晉級以及配合政府，提升公務人員薪水，同時也強調，在越缺少制度化管道情況下，解決的成本就越高，海基會必須承擔這項責任，立委(國)李彥秀說：「理想很豐富現實很骨感。」

立委(民)許智傑說：「兩岸事務繁瑣需要相當多人力溝通，因此未來增加相關預算有其必要。」兩岸民間互動，海基會肩負重任，只期盼增加預算，花在刀口上，發揮最大效益。