調查局調查官余正煌自訴控告前新竹市長林智堅涉嫌違反著作權法，林智堅的論文指導教授陳明通，先是在朝野協商中替愛徒發聲；前(11)日開庭後，又發聲明力挺林智堅！而余正煌也透過律師團反擊，痛批陳明通身為國安局長，卻以私害公，有違國安局長重責，也有失人師風範。陳明通則回應，請律師就事論事，不需要人身攻擊。

國安局長陳明通說：「林智堅的案子很確定是一個冤案。」林智堅余正煌互控抄襲論文，台大國發所教授也是前新竹市長林智堅，指導教授的國安局長陳明通，跳出來大聲替愛徒喊冤，而論文門11日開庭後，陳明通又再度發聲明挺堅，陳明通在聲明指出，當時他將論文寫作底稿格式寄給余正煌參考，直到1月底都沒有新進度，但林智堅的論文2月就已經有雛形，顯示林智堅根本不可能抄襲余正煌，余正煌委任律師張祐齊說：「林智堅的論文本身來講，經台大說是抄襲也沒見林智堅敢去提告啊。」

對此余正煌也透過律師發聲明回擊，除了強調論文都是自己寫的，更痛批陳明通身為國安局長，卻以私害公為了林智堅論文對付余正煌，有違國安局長重責也有失人師風範，而陳明通則回應，請律師就事論事不需要人身攻擊，國民黨立院黨團總召曾銘宗說：「你是本案當事人還在隨意放話，隨意在護航真的不適合國安局局長，趕快下台趕快下台趕快下台。」說這案子是不是冤案，不是由陳明通認定，論文門雙方展開口水戰，誰對誰錯還是得交由司法來定奪。